Różnica pomiędzy tą formą współpracy, a współpracą ze środowiskami lokalnymi polega na tym, że Fundacja wspiera środowiska lokalne pomagając im tworzyć stowarzyszenia, które po zakończeniu projektu w danej miejscowości samodzielnie dalej poprowadzą placówkę przedszkolną. Natomiast organizacje pozarządowe, z którymi współpracuje Fundacja, są już zorganizowane w formie stowarzyszeń lub fundacji, lecz nie dysponują koniecznymi do utworzenia przedszkola wiedzą i umiejętnościami. Fundacja Edukacji Przedszkolnej dzieli się z nimi wiedzą i doświadczeniem z zakresu tworzenia i prowadzenia placówek przedszkolnych oraz przygotowuje je do przejęcia całkowitej odpowiedzialności za kontynuowanie działalności przedszkola już po zakończeniu współpracy w ramach projektów unijnych.